단백질-리간드 복합체의 동적 거동을 평가하기 위해 100ns 동안 분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 수행했습니다. RMSD 분석 결과, 복합체의 구조적 안정성에 주요 차이가 있음을 확인했습니다. 레스베라트롤은 0.25~0.75 Å의 낮은 RMSD 범위를 유지하며, 시간에 따른 구조적 변화가 최소화되었음을 보여주었습니다. 이는 레스베라트롤이 견고하고 안정적인 복합체 형성을 촉진하여 F0 당단백질을 융합성이 낮은 형태로 고정시켜 바이러스 침입 억제에 중요한 역할을 할 수 있음을 시사합니다. RMSF 프로파일의 최소한의 변동은 이러한 가설을 더욱 뒷받침하며, 결합에 관여하는 주요 잔기들이 구조적으로 견고하게 유지되어 복합체의 안정성과 억제 잠재력을 향상시켰음을 나타냅니다. 반면, 베르베린은 2.5~3.0 Å의 더 높은 RMSD 범위를 보였습니다. 이는 더 큰 구조적 유연성을 의미하지만, 복합체는 처음 5ns 이내에 비교적 빠르게 안정화되었고 시뮬레이션 전반에 걸쳐 적당한 안정성을 유지했습니다. 베르베린의 RMSF 분석 결과, N-말단과 루프에서 더 큰 변동이 관찰되었는데, 이는 베르베린이 구조적 불안정성을 유발하지 않으면서도 단백질-리간드 상호작용에 어느 정도 유연성을 허용하는, 덜 견고하지만 여전히 안정적인 복합체를 형성할 수 있음을 시사합니다.
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